1、公司或有限合夥事業申請研發活動審查意見者，應於辦理當年度 營利事業所得稅結算申報期間開始前 3 個月起至申報期間截止日 內（曆年制公司為 2 至 5 月），檢附申請書所列各項文件資料向本 局申請。逾期申請者，本局不予受理。
2、公司或有限合夥事業申請研發支出適用投抵專案認定者，應與申請研發活動審查意見併案提出，但申請書與檢附之相關文件資料 與申請研發活動審查意見之申請書及檢附之文件資料完全不同， 因此須分開裝訂，並於信封袋上註記申請 2 項事項（申請研發活動審查意見及研發支出專案認定 2 項），逾期申請者，本局亦不予受理。
